WSR040-PCR, Sequenzierung und NGS: Aufklärung der DNA - Interview mit Dr. Jörn Glökler
Wirkstoffradio (MP3 Feed)
German - March 21, 2021 15:00 - 2 hours - 97.1 MBNatural Sciences Science Homepage Download Apple Podcasts Google Podcasts Overcast Castro Pocket Casts RSS feed
Dr. Jörn Glökler erklärt Bernd, wie die PCR bzw. PCR-Tests funktionieren. Sie sprechen nicht nur über den Einsatz in der SARS-COV-2 Pandemie, sondern auch über Sequenzierung als Werkzeug in Diagnostik und Forensik und aktuelle Entwickungen der Techniken.
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Das Wirkstoffradio ist ein Wissenschaftskommunikationsprojekt aus dem Leibniz-Forschungsinstitut f\u00fcr Molekulare Pharmakologie (FMP) und wird gef\u00f6rdert durch das Leibniz Forschungsnetzwerk Wirkstoffe und Biotechnologie.","poster":"https:\/\/www.wirkstoffradio.de\/podlove\/image\/68747470733a2f2f7777772e7769726b73746f6666726164696f2e64652f77702d636f6e74656e742f75706c6f6164732f323031382f30392f5769726b73746f6666726164696f5f4c6f676f5f6c616e672d3330303078333030305f63726f707065645f626c756542472e706e67\/500\/0\/0\/wirkstoffradio","link":"https:\/\/www.wirkstoffradio.de"},"title":"WSR040 PCR, Sequenzierung und NGS: Aufkl\u00e4rung der DNA - Interview mit Dr. J\u00f6rn Gl\u00f6kler","subtitle":"Dr. J\u00f6rn Gl\u00f6kler erkl\u00e4rt Bernd, wie die PCR bzw. PCR-Tests funktionieren. 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Bernd hat sich mit seinem Gesprächspartner, Dr. Jörn Glökler, remote zusammengesetzt, da es in der derzeitigen Pandemie nicht anders möglich ist. Sie haben über PCR und Sequenzierung gesprochen. Jörn ist Senior Scientist an der Technischen Hochschule Wildau, und auch Mitarbeiter bzw. Berater bei einigen Biotech Unternehmen.
Dr. Jörn Glökler
Seit Anfang 2020 verbreitet sich auch in Deutschland die SARS-CoV-2 Pandemie. Dabei sind PCR-Tests wichtige Werkzeuge, um Patienten mit COVID-19 zu identifizieren. Über Sequenzing oder Sequenzierung spricht man in diesem Zusammenhang dann, wenn nach einem positiven Test auch die Variante des Virus bestimmt wird. Diese Verfahren sind nicht nur für Arbeiten in der aktuellen Pandemie wichtig, sondern gelten mittlerweile als Standard-Werkzeuge in Diagnostik und Forensik.
Wie diese Techniken genau funktionieren, woher sie kommen, wo diese noch angewendet werden und woran Wissenschaftler aktuell bei der Weiterentwicklung dieser Techniken arbeiten, lässt sich Bernd von Jörn in dieser Episode erklären.
(Im Podcast gibt es Kapitelmarken, die den Zwischenüberschriften hier im Text entsprechen, so dass es einfacher ist, bestimmte Teile erneut zu hören. Nicht jede Kapitelmarke hat eine Zwischenüberschrift, manchmal fassen wir mehrere Kapitel zusammen.)
Was bedeutet PCR?
Polymerase-Kettenreaktion (PCR) – Wikipedia Artikel
Kary Mullis – Wikipedia Artikel
Nukleotide – Wikipedia Artikel
Triphosphate – Wikipedia Artikel
Pyrophosphate – Wikipedia Artikel
Primer Definition
Primer – Wikipedia Artikel
Oligonukleotide – Wikipedia Artikel
Polymerasetypen
Polymerasen – Wikipedia Artikel
Die drei Schritte der technischen PCR
Ein PCR-Versuch hat drei Phasen:
Primerbindung
Kopiereaktion: Gegenstrang der DNA-Sequenz wird gebildet.
Denaturierung: Doppelstrang wird aufgeteilt
Klenow-Fragment – Wikipedia Artikel
Taq-Polymerase
Extremophilie – Wikipedia Artikel
Thermus aquaticus – Wikipedia Artikel
Taq-Polymerase – Wikipedia Artikel
Escherichia coli – Wikipedia Artikel
Was heißt überexprimiert?
Überexpression – Wikipedia Artikel
Automatisierung der PCR
Thermocycler – Wikipedia Artikel
Wo kommen die Primer für den Test her?
Wenn die gewünschte Sequenz bekannt ist, können die Primer über Sythesedienstleister bestellt werden.
Wie funktioniert die Sequenzierung?
Sequenzierung (Sanger und NGS) – Wikipedia Artikel
Wie kommt man an die Sequenz des Primers?
Plasmid – Wikipedia Artikel
Craig Venter – Wikipedia Artikel
Schrotschuss-Sequenzierung – Wikipedia Artikel
Elektrophorese
Elektrophorese – Wikipedia Artikel
Polyacrylamid-Gelelektrophorese – Wikipedia Artikel
Kapillarelektrophorese – Wikipedia Artikel
PCR-Test vs Sequenzierung
Echtzeit-PCR – Wikipedia Artikel
Cp/Ct-Wert – Wikipedia Artikel
SYBR Green I – Wikipedia Artikel
Weiterentwicklung mit TaqMan-Sonden
TaqMan-Sonden (auch Hydrolyse-Sonden) – Wikipedia Artikel
Stärken und Schwächen der PCR-Tests
Kreuzkontamination – Wikipedia Artikel
Uracil – Wikipedia Artikel
Thymidin – Wikipedia Artikel
PCR mit RNA
Reverse Transkription – Wikipedia Artikel
Reverse Transkriptase – Wikipedia Artikel
Hot start PCR – Wikipedia Artikel (eng.)
PCR als Standard in der Diagnostik
Pfu-Polymerase – Wikipedia Artikel
Weitere typische Anwendungsgebiete der PCR
Diagnostik – Wikipedia Artikel
Forensik – Wikipedia Artikel
Genetischer Fingerabdruck (Forensik) – Wikipedia Artikel
Genetischer Fingerabdruck – Youtube Video
NGS
Next Generation Sequencing – Flexicon
Stop-Motion – Wikipedia Artikel
Illumina-Sequenzierung – Flexicon
Brücken-PCR – Wikipedia Artikel
Ablauf einer Virussequenzierung
Nachweis von Corona Viren per RT PCR – Youtube Video
Isothermale PCR
Isotherme DNA-Amplifikation
Jörns Review als wissenschaftlicher Artikel (open access): Jörn Glökler, Theam Soon Lim, Jeunice Ida & Marcus Frohme (2021) Isothermal amplifications – a comprehensive review on current methods, Critical Reviews in Biochemistry and Molecular Biology, DOI: 10.1080/10409238.2021.1937927
Jörns Werdegang
Universität Bayreuth
in-vitro-Evolution – Lexikon der Biologie – Spektrum
Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung
Phagen-Display – Wikipedia Artikel
Charité – Universitätsmedizin Berlin
Max-Planck-Institut für molekulare Genetik
Microarray – Wikipedia Artikel
Technischen Hochschule Wildau
Weitere Tätigkeiten von Jörn
digitale PCR – Wikipedia Artikel (eng.)
SELEX – Wikipedia Artikel
emulsions PCR
Volkswagenstiftung – Wikipedia Artikel
Jörns Lieblingsmolekül
T-Zell-Rezeptor – Wikipedia Artikel
Schematische Darstellung des T-Zell-Rezeptors. No machine-readable author provided. Anriar~commonswiki assumed (based on copyright claims)., CC BY-SA 3.0, via Wikimedia Commons
Wir bedanken uns ganz herzlich bei Dr. Jörn Glökler für die Zeit und seine Erläuterungen und Ausführungen zu seinem Forschungsgebiet.
Wir freuen uns immer über Feedback: per Mail unter [email protected], in den Kommentaren unter den einzelnen Episoden, über Twitter @wirkstoffradio oder auch als Bewertung bei iTunes/Apple-Podcasts oder panoptikum.social.
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Bernd Rupp
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