KNS022 – Ameise-Pilz-Problem

Diese Folge ist total biologisch. Irgendwie finden wir dieses Feld ziemlich spannend, und das spiegelt sich in der Selektion von Themen wieder. Deshalb haben wir das wohl studiert (Aber auch Chemie!). Wie soll man aber auch der Entschlüsselung von Genomknäueln widerstehen? Oder der Nutzung von niedrigenergetischen Lasern, um die körpereigene Regeneration von Zähnen anzuregen, die vielleicht in Zukunft die dem Menschen ureigenste Angst vor Zahnärzten nehmen kann. Darüber hinaus sprechen Katrin und Mariëlle über Landwirtschaft jenseits des Menschen und über die steigende Rate der Entdeckung neuer Haiarten - bei gleichzeitiger Abnahme der Populationen. Dazu kommt noch ein Nachtrag zur Scientific Writing Software sowie eine laaange Liste von Empfehlungen, teilweise aus (so gut wie fast noch) nie zuvor empfohlenen Kategorien. Viel Spaß beim Hören!

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Diese Folge ist total biologisch. Irgendwie finden wir dieses Feld ziemlich spannend, und das spiegelt sich in der Selektion von Themen wieder. Deshalb haben wir das wohl studiert (Aber auch Chemie!). Wie soll man aber auch der Entschlüsselung von Genomknäueln widerstehen? Oder der Nutzung von niedrigenergetischen Lasern, um die körpereigene Regeneration von Zähnen anzuregen, die vielleicht in Zukunft die dem Menschen ureigenste Angst vor Zahnärzten nehmen kann. Darüber hinaus sprechen Katrin und Mariëlle über Landwirtschaft jenseits des Menschen und über die steigende Rate der Entdeckung neuer Haiarten - bei gleichzeitiger Abnahme der Populationen. Dazu kommt noch ein Nachtrag zur Scientific Writing Software sowie eine laaange Liste von Empfehlungen, teilweise aus (so gut wie fast noch) nie zuvor empfohlenen Kategorien. Viel Spaß beim Hören!

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Katrin

Katrin @ Ameise-Pilz-Problem

Mariëlle

Mariëlle @ Ameise-Pilz-Problem

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Sendungsnotizen

Wissenschaftsnachrichten
Genomkonvolute entknäueln

Beitel CW, Froenicke L, Lang JM, Korf IF, Michelmore RW, et al. (2014) Strain- and plasmid-level deconvolution of a synthetic metagenome by sequencing proximity ligation products. PeerJ 2: e415. (Interview dazu)
Problem: viele Mikroorganismen nicht kultivierbar => keine reine DNA für “saubere” Sequenzierung
Lösung: Metagenomik = Analyse aller Genom in einer (Umwelt)Probe
Variante: Shotgun Sequencing (Craig Venter) = DNA fragmentieren, getrennt sequenzieren & Ergebnis in silico assemblieren
Vergleich: Identifizierung geschredderter Bücher erleichtert durch lange contigs & verschiedene Papierarten
Problem: Vermischung von Chromosomen & Plasmide verschiedener Zellen & Verlust der Kontiguität; Verwirrung durch horizontalen Gentransfer (Vergleich: plagiarisierte Textstellen)
High-throughput chromosome conformation capture (Hi-C) = Fixierung von DNA & Proteinen mit Formaldehyd, Ligation räumlich naher DNA-Moleküle, getrennte/parallele Shotgun-Sequenzierung der Ligationsprodukte
Vergleich: Bücher vor’m Shreddern nach Autor sortieren
Ergebnis: Erfolgreiche Ko-Sequenzierung von Plasmiden & Bakterienchromosom => Welche Spezies verteilen Antibiotikaresistenzen & Virulenzfaktoren?
Guardian Science Weekly über Antiobiotika

Laser, die auf Zähne leuchten

Arany et al. (2014). Photoactivation of Endogenous Latent Transforming Growth Factor − β 1 Directs Dental Stem Cell Differentiation for Regeneration. Sci Transl Med 6 , 238ra69
Einsatz von niedrigenergetischen Lasern zum Anregen der Zahnregeneration
Regeneration ist ein viel erforschtes Thema, denn es ist eine verlorene Eigenschaft (Frösche und Lurche können zB ganze Gliedmaßen regenerieren, sowie Eidechsen ihren Schwanz)
Induktion lokaler Stammzell-Populationen über latentes TGF-β
Wie funktioniert das? Ganz grob: Licht -> radikale Sauerstoffspezies -> vermehrte Produktion von  latentem TGF-β -> Differenzierung dentaler Stammzellen zu Dentin-produzierende Odontoblasten -> Geweberegeneration der Zähne
Funktioniert mit menschlichen dentalen Stammzellen in Kultur, sowie in Ratten
Beginn der Stammzell-Soap bei Methodisch Inkorrekt!

Wer farmt denn da?

Landwirtschaft = spezialisierte Symbiose bzw. obligater Mutualismus
Borkenkäfer (holzbrütende tragen Pilzsporen im Mycangium), höhere Termiten & Blattschneiderameisen
Mehdiabadi NJ, Mueller UG, Brady SG, Himler AG, Schultz TR (2012) Symbiont fidelity and the origin of species in fungus-growing ants. Nat Commun 3: 840
Ameisenart kultiviert immer gleiche Pilz(unter)art (“Kultivar”)
Artneubildung stets bei beiden Partnern => Was zuerst? Kein Kultivarwechsel ohne Ameisenartenstehungen, also treibt Pilz die Artbildung
Außerdem: spezialisierte parasitische Pilze, gegen die bakterielle Symbionten der Ameisen Anbiotika bilden
Jon Clardy

Das Schwinden und Mehren der Haie

Randhawa, Poulin & Krkošek (2014). Increasing rate of species discovery in sharks coincides with sharp population declines: implications for biodiversity. Ecography 37: 001–012
Wie viele Haiarten gibt es? Momentan etwa 500 Arten, doch es werden jährlich mehr!
Ab 1758 wurden etwa 2 Arten/Jahr beschrieben, ab 1986 5 Arten/Jahr, und seit 2000 etwa 8 Arten/Jahr -> ein Ende ist noch nicht ab zu sehen!
Artenzuwachs kommt vor allem durch molekulare Methoden (auch kryptische Artbildung) sowie Tiefseefischerei zustande. Apropos Tiefsee: Chimaeren
Zugleich nehmen die Populationen drastisch ab; viele Arten sind bereits vom Aussterben bedroht, zumal einige Arten in mehrere aufgespalten wurden
Publikation über die Zählung von Weißen Haie vor Kalifornien: Chapple et. al (2011). A first estimate of white shark, Carcharodon carcharias, abundance off Central California. Biology Letters
Generell ist auch die Angst vor Haiattacken nicht sehr gerechtfertigt
wichtige Rolle vor allem großer Haie (Apex-Predatoren) im Ökosystem: Populationskontrolle von Mesopredatoren
Nature Podcast über Wölfe als Toppredatoren

Nachtrag zu KNS019: Advanced Scientific Writing (Software)

Sedu schlägt Papyrus Autor vor
keine kontext-sensitive Wortempfehlungen
weiterhin: LibreOffice-plugin FTW!
SCIgen-eriert ganze Artikel

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Nachtrag zu KNS017: Data mining nun einfacher in UK & ContentMine blog
Desktophintergrundbild: 50 Years of [Space] Exploration
Guardian Science Weekly vom 6. Mai über Evolution auf den Galapagosinseln
Interview mit Prof. Galizia über Krebserkennung durch Fruchtfliegen

Hausmeisterei

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