Šumavská ledovcová jezera jsou vlastně horské nádrže, které vznikly přirozeným geologickým procesem. Ledovce, které ve vrchních částech pohoří seděly v období pleistocénu, začaly asi před patnácti tisíci lety odtávat. Jedním z výsledků tání jsou morény - kameny, štěrkem a jílem vyztužené hráze, které zalila voda. Od padesátých do devadesátých let minulého století, tak jako na okolní krajinu, působily i na ledovcová jezera kyselé deště, které vodu vytrávily.