OSR015 Reproduzierbarkeit

Nachdem wir in der letzten Folge etwas ausführlicher über Open Access gesprochen haben, haben wir uns in dieser Episode mal einem Prozess zugewandt der eigentlich nachgelagert zur Publikation zum Tragen kommt, aber schon weit vorher bedacht und vorgesehen werden muss/sollte - der Reproduzierbarkeit. Dabei geht es vor allem um die Wiederholbarkeit von empirisch-wissenschaftlichen Ergebnissen die in der Forschung z.B. in wissenschaftlichen Experimente, Messungen und Analysen erzielt wurden. Es gilt diese möglichst unter gleichen Versuchsbedingungen nachvollziehen zu müssen um gleiche Ergebnisse erzielen zu können. Warum das wünschenswert ist, wo die Herausforderungen liegen und welche Ansätze es gibt, versuchen wir in dieser Folge einmal darzulegen.

Nachdem wir in der letzten Folge etwas ausführlicher über Open Access gesprochen haben, haben wir uns in dieser Episode mal einem Prozess zugewandt der eigentlich nachgelagert zur Publikation zum Tragen kommt, aber schon weit vorher bedacht und vorgesehen werden muss/sollte – der Reproduzierbarkeit. Dabei geht es vor allem um die Wiederholbarkeit von empirisch-wissenschaftlichen Ergebnissen die in der Forschung z.B. in wissenschaftlichen Experimente, Messungen und Analysen erzielt wurden. Es gilt diese möglichst unter gleichen Versuchsbedingungen nachvollziehen zu müssen um gleiche Ergebnisse erzielen zu können. Warum das wünschenswert ist, wo die Herausforderungen liegen und welche Ansätze es gibt, versuchen wir in dieser Folge einmal darzulegen.

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Shownotes: OSR015 Reproduzierbarkeit

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HAUSMEISTEREI

Danke für die vielen Erwähnungen, z.B. hier:

Methodisch inkorrekt, Folge 20
Webschau bei irights.info (10.02.)
DGUF Tagung
TIB auf Facebook
etc.

Nachtrag zu OSR014

Zahlen zu Creative Commons Lizenzen und Open Access Journals von Ulrich Herb – Datensätze auch bei Zenodo abzurufen
Results of the first PeerJ Author Survey
Noch ein Grund für OpenAccess – Software die Paper aus der chemischen Forschung prüft (Gruppe von Peter Murray-Rust (Mitverfasser der Panton Principles))
Für PLoS-Publikationen müssen nun alle Daten öffentlich verfügbar sein
#PLOSfail

Blogbeitrag bei Scientopia


Blogbeitrag von Edmund Hart

Nature (u.a.) müssen eine ganze Reihe von Papern entfernen
SciGen
Aktionsbündnis Urheberrecht für Bildung und Wissenschaft lanciert Petition gegen die Benachteiligung von (Hochschul)wissenschaftlern durch aktuelle Urheberrechtsgesetzgebung (Erklärender Text bei Telepolis)
Open Access Button bittet um Input um zu sehen wohin die Reise noch gehen soll
Deutschsprachige Open Science Mailinglist gestartet
Stackexchange sammelt Vorschläge für Open Science (paralleles Angebot: academia.stackexchange.com)
SciForge (Blog)
Kleiner Hack um DOIs für Software mittels FigShare zu erhalten

VORSTELLUNG HAUPTTHEMA: REPRODUZIERBARKEIT

REPRODUCIBILITY – Worum geht’s?
Warum machen das Wissenschaftler nicht?

Soziale Hemmnisse
Karl Popper (empfohlen an der Stelle die Folge des Soziopod zu Popper)
Proprietäre Hardware

Schönes Beispiel für das Problem
Diverse Themenspecial zu Reproducibility:

Nature Special zu Reproducibility (2013)
Science Special zu Reproducibility/Replication (2011)
Scilogs-Artikelserie zur Reproduzierbarkeit
Euroscientist-Artikelreihe zu “Why Sharing Matters”

ISMB Keynote von Carol Goble über Reproduzierbarkeit und Open Science

REPRODUCIBILITY – Prinzipien, Inititativen, Beispiele, Tools

Panton Principles
Creative Common Zero (CC0)
Public Domain
Guide to Open Data Licensing der Open Definition
Gerade erschienen: Joint Declaration of Data Citation Principles
Data Lineage
Shell-Scripte, Make files
Literate programming

IPython notebook
Sweave (R)
Emacs Babel

Workflow-Systeme

Taverna
Galaxy
MyExperiment

Repositorys und Forschungsdatenportale

Forschungsdaten-Portale der Helmholtz Gemeinschaft zusammengetragen von Henning Krause
re3data.org
RADAR (kürzlich gestartetets Projekt das von der DFG gefördert wird) – mehr Info in einem Beitrag der TIB
ScientificData bei Nature (Pressemitteilung dazu, startet dann im Mai 2014)
Kritischer Blogpost von Petro Beltrao dazu
Figshare
Dryad Digital Repository

Tools

Open Science Framework eine Virtuelle Forschungsumgebung
Reproducibility Project beim OSF
Zenodo
DataCite
DataUp

Automatisierung = Reproduzierbarkeit

Offene Laborhardware e.g. OpenPCR
Formalisierung von Prozessen. e.g. EXACT
Robot Scientist “Adam”
Kurzes Papers, das ein paar der Ideen diskutiert

“Science it works, Bitches” (Richard Dawkins / xkcd)
Nachtrag: PHD Movie – Original Trailer: „Why am I doing this?!?!“