#59 Minds Meet Weeds - Part 1

Salk Institute のEckerラボ で宿主-微生物相互作用研究とゲノミクス技術開発を行っており、来年夏からイギリスのThe Sainsbury Laboratoryで独立予定の登達也さん(@nobolly, @tnobo_ktcs)がゲスト。植物を研究対象としたきっかけ、マックスプランクでのPhD3部作、ポスドクでの3部作の解説、近年のSpatial Transcriptomics技術開発トレンドに関するディスカッション。後半に続く (6/22収録)

Show Notes (番組HP):

登さんHP
NRのトランスクリプトーム回 EP4 EP5
Eckerラボ
オンライントーク その１ その２ その３ (おすすめby登)
津田ラボ（現華中農業大学大学）
津田先生
放射線植物生理学研究室
セシウム蓄積に関する研究 その１ その２ その３
フランス政府の給費留学
留学したフランス原子力庁のラボ
Max-Planck Institute for Plant Breeding Research
Köln (Cologne)
ケルシュ
PhD時代の植物-微生物相互作用三部作その１：植物免疫による微生物への影響、RNA版
登さんによる植物の免疫系に関するレビュー その1 その2
IlluminaのRibo-Zero (ディスコン：植物用のものが製造終了)
根腐病
PhD三部作その２：Multi-omics版
PhD三部作その３：異なる微生物への植物の応答と、微生物への影響の違い
野性のシロイヌナズナから単離した微生物のコレクション
植物と動物のマイクロバイオーム
鉄（栄養）を使った免疫
葉っぱは疎
細胞壁
III型分泌装置
植物の共生
EMBOの新米PI用ワークショップ
Eckerラボからマウス脳でsingle nucleusメチローム、Science 2017
ポスドク応募時に書いたメールについて
脳メチローム その１ その２その3 その4 その5 他多数
UPennでやったエチレン研究 その１ その２ その３ 他多数
シロイヌナズナ全ゲノム解読論文
植物へのMicroarray
シロイヌナズナのT-DNA変異体ライブラリ、Salk Line
Eckerキャリアインタビュー（2007年時点）
ゲノムワイドなメチル化アッセイ in 植物
In Human
ENCODEでのJoeのトーク
Ecker in HHMI
Ecker in BICCN
Ecker in BICAN
プロトプラスト
Full ProfessorのStudy
Salk InstituteでのSymphony
ポスドク三部作その１：Seed-to-seed single nucleus
atlas
ポスドク三部作その２：感染時の植物のMulti-omics + MERFISH
ポスドク三部作その３：PHYTOMap
Bing Renラボ
のBICCN論文
転写物分布だけで細胞のセグメンテーション、先行研究
植物の細胞セグメンテーション
vizgen
MERSCOPE
SeqFISH
Long Cai
BacteriaをターゲットにしたSeqFISH
STARMap
Xiao Wang
Sten LinnarssonではなくMats Nilssonでした！
HybISS
Sequence-by-ligation、例えばこれ
Sequence-by-synthesis
アムホテリシンB
Expansion Microscopy +
Spatial Transcriptomicsの仕事
FISSEQ
Harvard Fellow
NanoString
10x Genomics
EASI-FISH
Paul Tillberg
EEL-FISH
各神経の投射をバーコードで標識してSpatial Transcriptomics
Slide-seq
Evan Macosko
Fei Chen
Slide-Tags
INSTA-seq
Je Lee (現Ultivue)
DBiT-seq
CUT&Tag
開発したRong Fan
最近の無双 Spatial ATAC-seq, Spatial CUT & Tag, Spatial CITE-seq
Pixel-seq
Stereo-seq
最近NanoStringを10xが訴えた
登さん新ラボのアナウンスメント from TSL
Janelia Fluor
Quantum Dot

Editorial Notes:

これまでの短いキャリアを振り返って、月並みですが人・環境に恵まれていたなと感じさせられました。宮脇さん萩原さんともそのうちリアルでお会いしたいです。ケルシュ飲みいきましょう！（登）
次会えそうな時は感染症に気をつけます！ (脇)
そういえばNanoString本社の隣に住んでます (萩)